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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha : |
06/06/2019 |
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Actualizado : |
04/05/2020 |
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Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Nacionales |
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Autor : |
CAPDEVIELLE, F.; OTTATI, C.; LOPRETTI, M. |
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Afiliación : |
FABIAN MARCEL CAPDEVIELLE SOSA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; CAROLINA OTTATI, LATU (Laboratorio Tecnológico del Uruguay); MARY LOPRETTI, LATU (Laboratorio Tecnológico del Uruguay); Universidad de la República (UdelaR)/ Facultad de Ciencias. |
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Título : |
Bioinfo_eXtrema: un enfoque bioinformático para integrar información ambiental, bioquímica y genómica, enfocado en bioprospección y selección de consorcios de microorganismos con aplicaciones en biorremediación. |
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Fecha de publicación : |
2010 |
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Fuente / Imprenta : |
INNOTEC, Revista Anual del LATU, 2010, No. 5, pp. 43-47. |
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Idioma : |
Español |
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Notas : |
Article history: Recibido: 28/06/2010 - Aprobado: 21/09/2010 |
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Contenido : |
RESUMEN.
La identificación de componentes funcionales clave para diversos bioprocesos de interés industrial ha permitido seleccionar aislamientos adaptados a condiciones ambientales extremas en tres especies de hongos del género Penicillium. Dichos aislamientos fueron evaluados in vitro para caracterizar su potencial como componentes de un consorcio microbiano aplicable en biorremediación de efluentes industriales que contienen residuos lignocelulósicos. Los resultados de la anotación de secuencias genómicas disponibles para una de las especies identificadas apuntan a la existencia de genes con alta similaridad respecto a los existentes en diversos hongos considerados como referencia en materia de degradación de lignina en ambientes naturales. Las anotaciones funcionales propuestas a partir de secuencias accesibles ?identificadas a través de la base de datos Fungal Oxidative Lignin Enzymes? podrían contrastarse con los resultados experimentales para cepas creciendo en diferentes medios con lignina, representando ambientes industriales extremos. Mediante este trabajo se propone el ensamblado de Bioinfo_eXtrema como parte de un enfoque bioinformático centrado en la selección de consorcios de extremófilos para aplicaciones en biotecnología industrial, combinando diversas técnicas de minería de datos ?integradas a través del Waikato Environment for Knowledge Analysis? para facilitar la integración de información molecular disponible e indicadores funcionales relevantes para aplicaciones en biorremediación.
ABSTRACT.
The ability to identify microbe extremophiles with metabolic capabilities suited for specific bioprocesses opens the doors of extreme environments for development of new industrial products. Identification of key functional components from existing biodiversity supported selection of candidate isolates from three Penicillium fungal species. These candidates were evaluated in vitro to further characterize their potential as components of a microbial consortium for biorremediation of industrial effluents containing lignocellulosic residues. Results from annotation of available genomic sequences for one of these Penicillium species pointed to the existence of putative genes highly similar to those functionally identified in reference fungi for degradation of lignin in natural environments. Proposed functional annotations from available sequences were identified through a specialized database ?Fungal Oxidative Lignin Enzymes (FOLy)? and could be contrasted straightforward with experimental results for strains growing in different media containing lignin, representing extreme industry-related environments. We propose the as-sembly of Bioinfo_eXtreme as an industrial-biotechnology-centered bioinformatics approach for consortia selection, combining diverse data mining techniques ?components of the Waikato Environment for Knowledge Analysis (WEKA)?, to facilitate inte-gration of available molecular information and relevant phenotypic indicators for biorremediation applications.Keywords: Extremozymes, lignin, data mining, Penicillium. MenosRESUMEN.
La identificación de componentes funcionales clave para diversos bioprocesos de interés industrial ha permitido seleccionar aislamientos adaptados a condiciones ambientales extremas en tres especies de hongos del género Penicillium. Dichos aislamientos fueron evaluados in vitro para caracterizar su potencial como componentes de un consorcio microbiano aplicable en biorremediación de efluentes industriales que contienen residuos lignocelulósicos. Los resultados de la anotación de secuencias genómicas disponibles para una de las especies identificadas apuntan a la existencia de genes con alta similaridad respecto a los existentes en diversos hongos considerados como referencia en materia de degradación de lignina en ambientes naturales. Las anotaciones funcionales propuestas a partir de secuencias accesibles ?identificadas a través de la base de datos Fungal Oxidative Lignin Enzymes? podrían contrastarse con los resultados experimentales para cepas creciendo en diferentes medios con lignina, representando ambientes industriales extremos. Mediante este trabajo se propone el ensamblado de Bioinfo_eXtrema como parte de un enfoque bioinformático centrado en la selección de consorcios de extremófilos para aplicaciones en biotecnología industrial, combinando diversas técnicas de minería de datos ?integradas a través del Waikato Environment for Knowledge Analysis? para facilitar la integración de información molecular disponible e indicadores funcionales relevantes para apli... Presentar Todo |
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Palabras claves : |
BIOINFORMÁTICA; MINERÍA DE DATOS. |
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Thesagro : |
BIOTECNOLOGIA. |
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Asunto categoría : |
F02 Propagación de plantas |
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URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/12787/1/Capdevielle-F.-2011.-INNOTEC.pdf
https://ojs.latu.org.uy/index.php/INNOTEC/article/view/64/55
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Marc : |
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Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
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| Registros recuperados : 44 | |
| 14. |  | CAPDEVIELLE, F.; PAGLIANO, D.; STOLL, M. Integración del análisis genómico molecular en sistemas biotecnológicos de apoyo al mejoramiento genético de especies hortícolas. In: SUH (Sociedad Uruguay de Horticultura); COLHOR (Confederación Latinoamericana de Horticultura); Congreso Iberoamericano, 1., Congreso Latinoamericano, 5., Congreso Nacional de Horticultura, 4. Resúmenes. Montevideo (Uruguay): SUH, COLHOR, 1992. p23| Tipo: Abstracts/Resúmenes |
| Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
|    |
| 18. | | FEDERICI, M.; SCHCHERBAN, A.; CAPDEVIELLE, F.; FRANCIS, M.; VAUGHAN, D. Analysis of genetic diversity in the Oryza officinalis complex. [Research article]. Electronic Journal of Biotechnology, 15 August 2002, Volume 5, Issue 2, Pages 85-94. OPEN ACCESS. Article history: Received February 12, 2002 / Accepted August 7, 2002 / Published: 15 August, 2002.
Financial support: Japan Cooperation Agency ? individual training of Group Course ?Plant Genetic Resources?.| Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : A - 2 |
| Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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| 19. | | FEDERICI, M.; SHCHERBAN, A.; CAPDEVIELLE, F.; FRANCIS, M.; VAUGHAN, D. Analysis of genetic diversity in the Oryza officinalis complex. [Resumen]. ln: Conferencia Internacional de Arroz de Clima Templado, 3., 2003, Punta del Este, Uruguay Resúmenes. Montevideo (Uruguay): ACA; INIA; GMA; FLAR, 2003. p. 40 "Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria, Uruguay (INIA); Asociación de Cultivadores de Arroz (ACA); Gremial de Molinos Arroceros (GMA); Fondo Latinoamericano de Arroz de Riego (FLAR)"| Tipo: Abstracts/Resúmenes |
| Biblioteca(s): INIA Treinta y Tres. |
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